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myst:
html_meta:
keywords: LaTeX, chimie, représentation molécule, chimie organique, structure chimique
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# Comment représenter des molécules avec le package chemfig?
:::{note}
Même si la syntaxe est différente, une connaissance basique de celle du package Ti*k*Z peut
faciliter la prise en main.
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## Principes de base
### Liaisons et angles
Le principe de base est relativement aisé à comprendre. Ce package fournit une commande
`\chemfig{}` dans laquelle on décrit la structure de la molécule.
Chaque liaison prend plusieurs paramètres optionnels et le premier est l’angle de la
liaison avec l’horizotale.
L’exemple ci-dessous indique comment peut être modifier l’angle d’une liaison.
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{CH_3 - CH_2 - CH_2 - CH_3}
\vspace{1.5cm}
\chemfig{CH_3 -[:30] CH_2 -[:-30] CH_2 -[:30] CH_3}
\end{document}
```
#### Liaisons les plus courantes :
- simple : -
- double : =
- triple : ~
- cram vers l’avant : <| ou >|
- cram vers l’arrière : <: ou >:
#### Arguments des liaisons
On indique les arguments optionnels entre crochets à la suite de la liaison de la même
manière que l’exemple ci-dessus.
L’angle à été vu précédement et le coefficient permet de modifier la longueur de la
liaison.
La modification des atomes de départ et d’arrivée peut être utile dans certains cas (voir
l’exemple du [cyclohexane](#molécules-cycliques)
```{noedit}
[ , , , , ]
```
### Angles prédéfinis
On peut utiliser les angles prédéfinis 0°, 45°, 90° etc en indiquant 0, 1 ou 2 dans
l’argument optionnels des liaisons.
On note dans l’exemple suivant l’absence des « : » avant la valeur de l’angle.
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{CH_3 -[1] CH_2 -[-1] CH_2 -[1] CH_3}
\end{document}
```
### Représentations topologiques
Pour la représentation topologique, il suffit... de ne pas indiquer les atomes de carbone et
d’hyodrogène:
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{-[1]-[-1]-[1]-[-1]OH}
\end{document}
```
## Ramifications
Les ramifications sont indiquées à l’aide de parenthèses. **Attention** cependant à bien
indiquer la valeur de l’angle pour la liaison correspondant.
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{CH_3 - CH (-[2] CH_2 - CH_3) - CH_2 - CH_3}
\end{document}
```
## Molécules cycliques
On peut dessiner les molécules cycliques manuellemment, mais le package fournit une
syntaxe simple et rapide.
`\chemfig{ * (liaisons et atomes aux sommets) }`
L’atome de départ est nécessairement l’atome situé « en bas à gauche » du cycle, qui est
construit en tournant le sens horaire.
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\section*{Le cyclohexane}
\chemfig{HC*6(-CH=CH-CH=CH-HC=[,,2,1])}
\section*{Le cyclohexanol}
\chemfig{HC*6(-CH=CH-CH=CH(-[2]OH)-HC=[,,2,1])}
\end{document}
```
:::{note}
Ici on a dû imposer les atomes de départ et d’arrivée de la dernière liaison du cycle, qui
n’était pas satisfaisante.
Pour se rendre compte du problème, on peut retirer ces arguments et observer le résultats.
:::
## Charges
Pour indiquer la charge d'un atome, on place la commande suivante dans le code de la
molécule.
```{noedit}
\charge{ = }{atome}
```
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{ CH_3 - C (=[2]O) - \charge{45=$\ominus$}{O}}
\end{document}
```
On peut ajuster la position de la charge en indiquant un décalage après la valeur de
l’angle.
Exemple
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{CH_3 - C (=[2]O) - \charge{45:3pt=$\ominus$}{O}}
\end{document}
```
## Représentation de Lewis
:::{deprecated} 1.5 Attention, les commandes `\Lewis{}` ou `lewis{}` ne doivent plus être
utlisées depuis la version 1.5 du 05/03/2020. L’auteur précise qu’on doit utiliser
maintenant la commande `\charge{}`
:::
La macro `\charge{}` est donc également utilisée pour représenter les doublets non liants dans
la représentation de Lewis.
Il suffit d’utiliser comme valeur la macro `\|`
Exemple :
```
\documentclass{article}
\usepackage{chemfig}
\begin{document}
\chemfig{
CH_3 - C (=[2] \charge{135=\|, 45=\|}{O})
- \charge{45:5pt=$\ominus$, 90=\|, 0=\|, -90=\|}{O}
}
\end{document}
```
:::{attention}
- La macro `\|` permet au « doublet » de pivoter en fonction de sa position autour de
l’atome porteur. Si on utilise `|` seulement comme valeur de la charge, cela ne sera pas
le cas.
- Il ne doit pas y avoir d’espace entre la valeur de l’angle et celle de la charge.
:::
## Ajouter le nom des molécules
:::{source}
Source(s)
https://ctan.org/pkg/chemfig
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